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    1. geneXplain 平臺

      產品詳情


      geneXplain 平臺介紹
      ????? geneXplain是提供生物信息學、系統生物學和化學信息學分析工具的綜合性平臺,適用于生命科學領域的轉譯研究,主要應用于個性化醫學和藥物基因組學。geneXplain平臺整合了一系列獨立模塊,這些模塊組成的系統為轉錄組學和蛋白質組學提供從數據到新藥物的完整分析流程。
      ????? geneXplain為學術和商業合作伙伴提供專業服務。


      服務
      ???? ?geneXplain歷經20年發展,解決了大量的生物學問題,積累了豐富的數據分析經驗。geneXplain為客戶量身定制數據分析服務,也參與科研項目合作,這些科研合作項目可以是發現生物標志物、鑒定藥物靶標、搜索新藥物和新藥物應用等。


      geneXplain提供的分析工具與數據庫
      ????? TRANSFAC數據庫——全面的真核生物轉錄調控數據庫,擁有全面的轉錄因子及其結合位點與miRNA信息
      ????? TRANSPATH數據庫——目前全球較為龐大的通路、網絡數據庫之一,特別適合geneXplain的上游分析模塊
      ????? HumanPSD——連接通路、靶標、藥物和臨床試驗的豐富的信息資源
      ????? PASS和PharmaExpert——定性預測化合物的生物活性
      ????? GUSAR——創建QSAR模型和定量預定化合物活性


      geneXplain平臺界面圖示

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      主要特征

      ????? 1.收集、存儲和分析實驗數據
      ????? 2.分析多種類型數據,如:芯片、ChIP-seq、RNA-seq、蛋白組學、NGS和GWAS數據等
      ????? 3.使用TRANSFAC數據庫,全面分析基因組調控區域
      ????? 4.預測miRNA結合位點
      ????? 5.基因數據集富集分析
      ????? 6.使用TRANSPATH數據庫,分析網絡聚類、主調控子、潛在生物標志物與藥物靶標
      ????? 7.70多個已設定的分析流程(特定分析流程)
      ????? 8.使用圖像編輯工具自定義分析流程
      ????? 9.添加用戶編程的Java腳本和R腳本


      geneXplain平臺功能
      1.基因組變異功能分析
      ????? 分析流程定位SNP對應的基因,預測SNP對基因編碼區域和調控區域的可能性影響,影響調控的SNP與附近的轉錄因子結合位點相關。用戶可以使用內置的基因組瀏覽器查看分析結果,將分析結果以幾種格式導出。


      2.動態仿真
      ????? geneXplain平臺提供可視化模塊,其中包括綜合性模擬引擎及其可選擇的參數。


      3.分析基因組調控區域的轉錄因子結合位點
      ????? 使用TRANFAC數據庫豐富的位置權重矩陣庫,預測基因序列的可能性轉錄因子結合位點。另外,平臺專為共調節基因提供復合模塊。


      4.網絡分析
      ????? 平臺使用合適的算法生成網絡,預測主調控子(紅色節點)調控的一組基因(綠色節點),具有統計學意義。
      ????? GeneWays是支持網絡分析的數據庫之一,由A. Rzhetsky創建,數據庫內容從360,000多篇文獻全文和8,000,000多篇文獻摘要挖掘信息歸納總結組成 [Iossifov et al., PLoS Comput. Biol.
      5:e1000559, 2009]。
      ????? BIOBASE公司產品TRANSPATH數據庫是支持網絡分析的另一個數據庫,TRANSPATH數據庫具有450,000多條人工歸納總結的分子相互作用關系和1,600個通路 [Krull et al., Nucleic Acids Res. 34:D546-D551, 2006]。

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      網絡分析圖示


      5.流程管理
      ????? 特定分析模塊組成的分析流程能夠以圖片形式保存,藍色長方形表示模塊,黃色菱形表示每個步驟的分析結果,作為導入下一個步驟的數據。數據集的分析流程可以通過拖拽需要的分析模塊輕松創建。此外,如有需要,用戶可在分析流程可以加入Java腳本。

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      分析流程圖示

      ? 前日,GeneXPlain旗下的轉錄因子數據庫TRANSPATH及蛋白質數據庫humanPSD進行了今年第三次更新。本次更新除了數據量有提升外,在線版的界面也有些功能上的改動。


      TRANSFAC? 更新2017.3

      ? TRANSFAC?數據庫對轉錄因子、其基因組結合位點和DNA結合區域(PWM)都有更新,新的數據特征:


      基于序列保守對轉錄因子結合位點進行注釋
      ????? TRANSFAC?提取了位于人、小鼠或大鼠基因組的已知的轉錄因子結合位點并且保留了高度保守的位點。以高度保守為前提,對其他兩個物種的結合位點進行了注釋。這些結合位點與之前的物種進行對比,將完全能在相應位置對照的基因組序上的結合位點進行注釋,一共獲得了1565個新的結合位點的條目。


      添加ChiP-Seq experiment瀏覽頁
      ????? 從ENCODE導入161個人類DNA酶的高敏感ChIP-seq實驗到新的瀏覽頁面中。每個數據集的基因組間隔可以按.BED格式下載。轉錄因子和DNA酶ChIP-seq實驗瀏覽頁面可以從工具菜單訪問。BED文件的下載按鈕也被添加到TFBS與ChIP-seq實驗瀏覽頁面,為現有的2032個數據集提供更容易的訪問。

      ? 從2017年2月至2017年5月的第3期工程ENCODE網上更新了113個新的轉錄因子結合位點的ChiP-Seq實驗https://www.encodeproject.org/matrix/?type=Experiment&status=released. 數據集
      由98個不同的轉錄因子結合的1329758個片段組成,其中66個因子還沒有被ChiP-Seq數據涵蓋。對于71個數據集,一個現有位置權重相應的轉錄因子的矩陣與MATCH tool一起使用,能預測816574個優質結合位點。預測的優質結合位點以及完整的片段可以通過FASTA和BED的格式獲得由用戶指定的片段距離范圍內的基因列表的實驗報告。


      體內轉錄因子結合片段的基因位點重組報告
      ????? 為了提高清晰度,只列出與優質相關的啟動子相重疊的片段,并且作為附加信息,還包括了與啟動子的轉錄起始位點(TSS)相對片段的位置,以及片段內轉錄因子所預測的優質結合位點序列。


      hocomoco V10矩陣庫集成
      ????? 基于Chip-Seq實驗得到的134個單核苷酸位置權重矩陣已和HOCOMOCO V10(http://hocomoco.autosome.ru /)相整合。


      人類單核苷酸多態性(SNP)的內容更新
      整合了2017年3月由dbSNP新建立的人類150條SNP新信息,并將其映射人啟動子序列上,使得這一數據從上次更新的34839288條增加了一倍達到了73423232條。


      Ensembl的版本更新
      ????? 基于Ensembl增加了人、小鼠、大鼠、恒河猴、和擬南芥的基因,啟動子,ChIP片段的基因組信息共89條。

      ? PROTEOME? (HumanPSD?+TRANSPATH?) 更新 2017.3

      ? 人類蛋白質組調查數據庫(HumanPSD?)注重人類蛋白病生物標志物和藥物靶標,本次更新包含了這些新的數據特征:


      整合新的臨床試驗來源(CT)數據
      ????? 從clinicaltrials.gov和OpenTrials(http://opentrials .net)上整合了新的臨床實驗數據,覆蓋了的研究歐洲、日本和澳大利亞等注冊信息。CT-Disease-Drug信息數量從227170條增加到349417條,而CT-Disease信息數量從316785條增加到641872條。


      改進用戶數據管理
      “我的數據”菜單中的“存儲”鏈接加載一個使用空間統計的概覽頁面。對于每個存儲的用戶數據文件或結果列表,也可以按存儲空間或字母順序排列,便于管理或刪除過時文件。(此功能也在TRANSFAC中?可用)。


      快速尋找疾病和藥物條目
      ????? 快速搜索菜單現在可以通過外部標簽搜索疾病或藥物,如MeSH ID,DrugBank ID,或者PubChem CID。


      鏈接了BRENDA專業綜合酶信息系統
      ????? 具有酶功能的基因/蛋白質的位點報告包含了與BRENDA的鏈接。用戶可以通過有效的BRENDA訂閱訪問。

      ? TRANSPATH?數據庫關于哺乳動物的信號轉導和代謝途徑包括以下新的數據特征:


      新的磷酸化靶標內容
      ????? 添加了1000種新的磷酸化反應,描述底物及其關鍵磷酸化的激酶,如ERK1,SYK,Plk1,和Aurora-A/ B。


      2018年更新(點擊進入


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