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    1. QCII

      產品詳情

      隨著panel檢測技術的提高,為實體瘤或血液腫瘤樣品提供全面的基因組分析如今非常具有挑戰性。QIAGEN提供的自動化分析平臺QCII能夠根據QIAGEN臨床知識庫中高結構化的內容和全球優質的體細胞突變數據庫N-of-One的可信服務,為臨床檢驗提供直接的決策報告。

      檢驗科室能夠直接獲得由專業的腫瘤醫生審查過的與疾病一一相關的突變及解釋報告。無需進行繁瑣的paper work就能獲得專家鑒定出的突變分類,并且可以直接向醫生提供專業報告,以幫助制定臨床決策。

      QIAGEN具有完整分析產品線,能夠從測序數據出發,直接獲得突變的臨床報告。數據分析平臺CLC能夠對原始數據一鍵式分析,直接導出突變數據,輸入QCII進行分析,直接獲得突變報告。整個過程在短短幾個小時就能完成上百個樣本的分析。從數據到臨床報告,能夠快速協助醫生做出診斷報告。

      QIAGEN 知識庫價值

      在QCII背后是QIAGEN知識庫—— 一個內容全面的數據庫,它由專業的、開源的和已發表的的生物學內容組成。QIAGEN已經為研究人員、臨床醫生和制藥公司服務超過16 年,有2 萬多篇科學論文對其加以引用。

      QIAGEN Bioinformatics 創建了被稱為本體的結構化詞匯系統,以定義與特定生物過程、疾病或臨床應用案例相關的數據源和類型。它建立并實施了創新的管理流程,從信息的收集,處理到整合都依據本體。具體地說,這些管理流程既使用手工方法也使用計算方法來迭代復核數據源,并在嚴格的質量管理系統中對結果進行編輯。

      使用建立在人工管理基礎上的數據庫,而不是使用計算預測工具和原始公共數據,可以減少對罕見或新發變異進行錯誤分類的風險。構建這樣一個數據庫很費時,且對于單個研究或臨床實驗室是不可行的,尤其是在需要考慮多種疾病的情況下。我們投入時間和資源對QIAGEN 知識庫加以完善,目前已經能夠在不影響質量的情況下減少解讀基因組變異和其他數據所需的時間。

      數據庫中手動管理了超過530 萬個變異,其中包括了來自公開數據庫的信息,例如千人基因組計劃、ExAC、NHBLI’s的ESP 數據庫等。此外,我們擁有獲得許可的專有數據庫,如COSMIC 和OMIM,以及HGMD 和PGMD,這是兩個經過手動管理、由QIAGEN 發布的變異數據庫。為了提供高質量標準,我們在整合這些數據庫時使用了人工管理原則。因此,這些數據集之間的不一致均可以被識別和消除。其他計算機提取的信息來自于公共數據庫,如ENCODE,從而確保獲取調控區域全面的變異信息。

      知識庫中記錄了變異位點在健康人群和患者人群中的突變頻率,從而關聯變異位點和疾病之間的關系。例如,為了評估潛在的癌癥體細胞變異,結果中會展示該變異位點人工收集的文獻病例占的百分比和COSMIC 中記錄的病例百分比。QIAGEN 知識庫中包含了超過280 萬個本體條目,為建立變異、基因、組織類型和通路之間的關系提供了信息。

      QCII提高檢測解讀和報告的通量

      QCI Interpret 可以顯著提升臨床檢驗實驗室的效率,傳統臨床檢驗實驗室必須通過大量和嚴格的手動流程來識別、閱讀、整合眾多不同的信息來源,來解釋 NGS 檢測結果。根據目前的估算,臨床遺傳學家或變異解讀科學家高達50%的時間都消耗在獲取和整合這些信息上。臨床相關信息的快速增長和獲取成本的增加,使得許多實驗室需要花費大量時間維持與最新知識庫保持同步。QCI Interpret 利用 QIAGEN 知識庫 (QKB) 來解決這一問題。對于一個臨床外顯子組或全基因組樣本,QCII能夠在15分鐘以內就獲得準確報告。

      在一份QCII的報告中,可以無縫對接癌癥中出現的典型變異,如抗性突變、融合、CNV、可變剪接、基因特異性功能預測和致病性SNP。QCI Interpret的一個獨特能力是能夠識別和解釋跨越多個變異的遺傳因素。與逐個解讀變異的方法不同,QCI解讀系統評估整個基因譜,匹配可能影響治療選擇或臨床試驗的組合變異。由QCI Interpret提供的廣泛的癌癥特異性基因組信息和相關的臨床級別的腫瘤學資料,使醫師和腫瘤學家能夠開發針對患者的建議,這些建議由記錄成文的證據和基于指南的臨床推理支持。


      簡單易操作的分析流程

      QCII的分析流程及其簡單,測序數據、數據背景輸入到QCII中就能夠直接利用QIAGEN知識庫進行分析,給出最終的臨床報告。

      在最終的臨床報告中,會包含突變的基因列表、突變的位點、與突變相關的文獻、突變與癥狀的潛在關系、突變的蛋白產物影響、可能的治療和臨床方案等信息。下面是一個61歲的非小細胞肺癌IV期患者,之前通過檢測得知是ALK fusion突變,因此使用crizotinib進行質量。在QCII中進行了突變檢測后給出報告,發現該患者的主要突變基因是EGFR,并且通過背景文獻的支持與臨床醫生的評估給出,gefitinib與eriotinib是EGFR突變比較有效的藥物。

      所有的報告都可以PDF的格式導出。也可定制個性化的公司logo。因此QIAGEN Clinical Insight (QCI) Interpret是優質的企業級軟件平臺,專為規?;a、臨床級別的基因檢測實驗室設計。QCI Interpret是安全、可擴展、基于云的臨床決策支持工具,為臨床檢測機構及其服務的醫生和腫瘤學家提供行業優質的NGS結果解讀和報告。



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