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    1. TRANSPATH

      產品詳情

      ? TRNASPATH是關于哺乳動物信號轉導和代謝通路的數據庫,是創建很早的通路數據庫之一,至今已收錄458,000多條人工總結的反應。TRNASPATH數據庫內容可用于geneXplain平臺的通路分析。

      TRANSPATH數據庫關于分子通路的反應層級

      ? TRANSPATH根據多種反應層級,收集基因、分子和反應的信息,數據庫精細復雜的結構造就了它是優質的概念化科學通路資源之一,適合多種用途。專家從所有開放資源與商業資源的大量通路數據資料中人工提取、總結信息,進一步完善TRANSPATH數據庫內容。

      ? 每個反應采用嚴格的機制方式,記錄了所有實驗細節,包括參與發表的實驗反應的所有物質與每個分子的分類來源(分子證據水平);積累指定通路每個步驟的所有證據,提供更全面的、更完整的通路圖(通路步驟水平);上圖展示一個語義圖示,僅關注主要物質,忽略機制細節和冗余的小分子(語義投射)。

      ? 完整的網絡和通路由分子及其之間的反應構成,考慮到原始文獻中信息的不均勻性,TRANSPATH數據庫采用信息可溯源原則,但是精確區分蛋白分子是根據:
      1.在一個基因組中的關聯性
      明確檢索蛋白信息,根據:
      ????? 1.1指定每個蛋白
      ????? 1.2指定基因的所有產物(異構體)
      ????? 1.3不同蛋白家族之間的關系(例如,旁系同源)


      2.在不同基因組之間的關聯性(直系同源)


      3.蛋白之間的相關性和修飾狀態
      ????? 3.1指定蛋白復合物及其精確組成
      ????? 3.2指定蛋白翻譯后修飾的確切位置

      ?

      在geneXplain平臺查看轉化生長因子β(TGFbeta)網絡,數據來自TRANSPATH數據庫。


      主要特征
      ????? 1.專家人工總結、歸納哺乳動物(大部分數據關于人類、小鼠和大鼠)信號或代謝通路涉及的298,000多個分子與80,000多個基因信息
      ????? 2.1720個實驗驗證的通路和作用路徑
      ????? 3.評估了60,000多個同行評審的科學文獻
      ????? 4.專家從原始文獻提取并評估了489,000多個反應
      ????? 5.人工注釋、質控98,000多個轉錄因子與位點相互作用
      ????? 6.在geneXplain平臺使用,用戶可以自定義通路和網絡圖示


      優勢
      ????? 1.快速獲得信號傳導和代謝通路組分與反應信息,不需要進行耗時又繁瑣的文獻檢索。
      ????? 2.建立自定義調控和代謝網絡
      ????? 3.預測感興趣基因參與的可能性通路
      ????? 4.使用geneXplain平臺高級網絡視圖技術(基于TRANSPATH數據)

      ?

      在geneXplain平臺,使用TRANSPATH數據庫進行通路分析、查看網絡圖示


      2018年更新(點擊進入

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