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    1. NLME遠程計算節點搭建實例(2)基于容器

      2019-09-05 10:09:00 來源:源資信息科技(上海)有限公司

      新聞摘要:前文介紹了“NLME遠程計算節點搭建實例”,覆蓋了下表中高亮的兩列的類型,本身操作并不復雜,但有沒有什么更簡單的操作方式來完成遠程計算平臺的搭建工作呢?

      前言

      前文介紹了“NLME遠程計算節點搭建實例”,覆蓋了下表中高亮的兩列的類型,本身操作并不復雜,但有沒有什么更簡單的操作方式來完成遠程計算平臺的搭建工作呢?


      答案是有的正如題目所言~


      1.系統環境:

      1.1本地:

      操作系統:Windows 10家庭中文版,64位,版本號1903

      必須軟件:Phoenix 8.2

      所需的許可:Phoenix NLME

      系統語言:中文

      Phoenix計算設置:見下文第3節,組態

      用途概述:作為Phoenix NLME任務的構建、提交端,是計算任務的發起端。


      1.2遠程:

      操作系統:CentOS Linux 7

      IP地址:192.168.31.130

      必須軟件:docker

      所需許可證:Windows端有即可,Linux端無需額外許可證

      系統語言:中文

      用途概述:作為容器運行的宿主機,容器的實例用于用接收Phoenix Modle發送過來的NLME任務,并執行NLME的任務,然后將任務返回給Phoenix。


      2.安裝過程

      2.1本地:

      略,詳情參見Phoenix的用戶手冊。


      2.2遠程:

      #準備工作

      #因為Phoenix NLME僅支持使用SSH默認的22端口連接遠程計算平臺,所以首先將宿主機本身的SSH端口調整至其他端口,如1022,空出22端口供容器的實例使用。

      #以裝有圖形界面的Linux系統為例:

      #導航至/etc/ssh/文件夾下

      cd /etc/ssh/



      #調用記事本程序打開ssh_config文件

      gedit sshd_config


      #將其中被“#”注釋掉的端口設定語句“#Port 22”中的“#”號刪除,并將數字“22”改為其他,例如“1022”然后該保存文件



      #重啟SSHD服務,已加載修改后的配置

      service sshd restart


      #正式安裝操作

      #在Linux中安裝基礎環境軟件

      yum install epel-release

      yum install docker


      #啟動docker服務

      systemctl enable docker

      systemctl start docker


      #拉去作者預先構建好的鏡像“”

      docker pull fuyongchao/nlme-8.2-multicore


      #啟動一個該鏡像的實例,并把容器的22端口映射至宿主機的22端口,將該示例命名為nlme

      nlme docker run -dit -p 22:22 --name nlme fuyongchao/nlme-8.2-multicore


      3.組態(配置)

      3.1遠程:

      無需額外配置


      3.2本地:

      3.2.1啟動Phoenix,

      依次在菜單欄點擊 ”編輯(Edit)“→”首選項(Perferences)“→”遠程執行(Remote Execution)“→”計算節點(Compute Grid)“,

      導航至”計算節點(Compute Grid)“配置頁面后,點擊頁面上的”增加(Add)“按鈕新增一個配置,

      并按如下進行配置:

      對于該實例,配置應填寫如下:

      User machine name:Tri_Linux_single_test

      Machine name/IP address: 192.168.31.130

      Shared folder: /var/tmp/nlme

      Machine type: Linux

      R folder:/bin/R

      Parallel mode:MultiCore

      Number of cores: 2

      User:submit

      Password:Qq123456



      填寫完成,點擊“OK”按鈕保存。


      4.測試

      4.1啟動Phoenix

      4.2加載測試用的群體項目文件

      如 C:\Program Files (x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\Pheno.phxproj

      4.3導航至“運行選項(Run Option)”選項卡

      在對象瀏覽器中選擇一個“Pheno Model”操作對象,然后導航至“運行選項(Run Option)”選項卡。

      4.4切換執行項目的計算平臺

      “執行在(Execute on)”下拉框中選擇“Tri_Linux_single_test”選項,點擊Phoenix工具欄上的“執行(Execute)”按鈕



      4.5執行

      點擊工具欄中的“執行”按鈕,執行該操作對象,等待越20秒左右,即可查看到返回的計算結果。



      6.小結

      通過將上期在遠程端的操作步驟放置在一個容器鏡像內極大的減少了用戶所需要進行的操作步驟,提高了用戶操作的便利性。


      7.往期回顧



      點擊上圖進入上期精彩回顧:Phoenix NLME遠程linux計算節點概述




      點擊上圖進入上期精彩回顧:NLME遠程計算節點搭建實例(1)


      8.參考文獻


      《Phoenix Framework Guide》

      《Phoenix NLME User's Guide》


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