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    1. NLME遠程計算節點搭建實例(1)

      2019-09-04 19:12:15 來源:源資信息科技(上海)有限公司

      新聞摘要:本文主要介紹如何將單獨一臺Linux計算機部署為一個供Phoenix NLME使用的遠程計算節點,即下表中高亮的兩列的類型。

      前言

      本文主要介紹如何將單獨一臺Linux計算機部署為一個供Phoenix NLME使用的遠程計算節點,即下表中高亮的兩列的類型。


      1.系統環境

      1.1本地:

      操作系統:Windows 10家庭中文版,64位,版本號1903

      必須軟件:Phoenix 8.2

      所需的許可:Phoenix NLME

      系統語言:中文

      Phoenix計算設置:

      用途概述:作為Phoenix NLME任務的構建、提交端,是計算任務的發起端。


      1.2遠程:

      操作系統:CentOS Linux 7

      IP地址:192.168.31.130

      必須軟件:GCC,R,ksh,epel-release,libxml2-devel,R

      必須R包: batchtools,XML,reshape,Certara.NLME8(從Phoenix的安裝目錄中獲?。?

      所需許可證::Windows端有即可,Linux端無需額外許可證

      系統語言:英文(安裝過程可以使用中文的界面,但安裝完成后用于接收”作業(Job)“的用戶的系統必須為英文,否則會因為Phoenix無法識別返回的信息中的中文日期而發生錯誤)

      用途概述:該節點用接受Phoenix Modle發送過來的NLME任務,并執行NLME的任務,然后將任務返回給Phoenix。


      2.安裝過程

      2.1本地:

      略,詳情參見Phoenix的用戶手冊。


      2.2遠程:

      #在Linux中安裝基礎環境軟件

      yum install epel-release

      yum install gcc ksh libxml2-devel R


      #安裝R的包

      R

      install.packages(c('batchtools', 'XML', 'reshape'))

      q()


      #將本地端Phoenix安裝目錄下的“Certara.NLME8_0.0.1.0001.tar.gz”文件復制到遠程端,然后在遠程端導航至包含有Certara.NLME8_0.0.1.0001.tar.gz包的目錄,使用如下命令安裝

      R CMD INSTALL Certara.NLME8_0.0.1.0000.tar.gz


      #啟動遠程端的SSH遠程訪問服務

      service sshd start


      3.組態(配置)

      3.1遠程:

      #不建議使用root賬戶執行作業(job),所以這里新建一個用于接收Phoenix NLME提交作業的賬戶

      adduser submit

      passwd submit#設置密碼,此處我設置為Qq123123123


      #創建用于接受并儲存Phoenix NLME發送過來的作業的目錄

      mkdir -m 777 /var/tmp/nlme


      #查找R軟件的安裝目錄,便于之后使用

      which R




      3.2本地:


      3.2.1啟動Phoenix,

      依次在菜單欄點擊 ”編輯(Edit)“→”首選項(Perferences)“→”遠程執行(Remote Execution)“→”計算節點(Compute Grid)“,

      導航至”計算節點(Compute Grid)“配置頁面后,點擊頁面上的”增加(Add)“按鈕新增一個配置



      #”計算節點(Compute Grid)“配置頁面各個文本框的填寫說明:

      遠程計算機名稱(User machine name):遠程計算的名稱,該名稱將顯示在Phoenix Model的“運行選項(Run Option)”選項卡上的選擇框中,可以自行隨意定義。

      啟動腳本(Startup script):在遠程主機上執行的腳本,用于設置運行環境。

      機器名稱/IP地址(Machine name/IP address):遠程計算機系統中的實際機器名稱或其IP地址。

      共享文件夾(Shared folder):應用程序可以在遠程計算機上寫入結果/臨時文件的位置。

      機器類型(Machine type):從Windows或Linux中選擇。

      R文件夾(R folder):遠程計算機上R軟件的安裝路徑。

      并行模式(Parallel mode):如果機器類型為Windows,請選擇None,MultiCore,MPI。如果機器類型是Linux,請選擇None,MultiCore,MPI,TORQUE,SGE,SGE_MPI,TORQUE_MPI。

      核心數(Number of cores):此網格上可用的計算核心數。

      用戶(User):登錄主機的用戶名。除非使用私鑰文件,否則這是使用網格所必需的。

      密碼(Password):登錄主機的密碼。除非使用私鑰文件,否則這是使用網格所必需的。


      3.2.2填寫配置

      對于該實例,配置應填寫如下:

      User machine name:Tri_Linux_single_test

      Machine name/IP address: 192.168.31.130

      Shared folder: /var/tmp/nlme

      Machine type: Linux

      R folder:/bin/R

      Parallel mode:MultiCore

      Number of cores: 2

      User:submit

      Password:Qq123123123



      填寫完成,點擊“OK”按鈕保存。


      4.測試

      4.1啟動Phoenix,

      4.2加載測試用的群體項目文件,

      如 C:\Program Files (x86)\Certara\Phoenix\application\Examples\NLME\Pheno.phxproj

      4.3導航至“運行選項(Run Option)”選項卡

      在對象瀏覽器中選擇一個“Pheno Model”操作對象,然后導航至“運行選項(Run Option)”選項卡。

      4.4切換執行項目的計算平臺

      在“執行在(Execute on)”下拉框中選擇“Tri_Linux_single_test”選項,點擊Phoenix工具欄上的“執行(Execute)”按鈕



      4.5執行

      點擊工具欄中的“執行”按鈕,執行該操作對象,等待越20秒左右,即可查看到返回的計算結果。



      5.錯誤排查

      如果超過1分鐘都沒反應,則說明之前的操作步驟中可能存在問題,可按如下步驟排查:

      1.導航至Linux計算機上的“共享文件夾(Shared folder)” /var/tmp/nlme,查看其中是否有任何文件,如果沒有文件,請檢查共享目錄的設置與Linux賬戶的配置。

      2.查看“共享文件夾(Shared folder)”下以“DME_”開頭的文件夾,在其中找到“NlmeRemote.LOG”文件,打開它了解報錯的信息。

      3.有時也可查看Windows端上Phoenix軟件的Log日志嘗試獲取報錯信息(在Phoenix菜單欄依次點擊“幫助(Help)”→“查看日志(View Logs)”)。


      6.小結

      通過上述的步驟,用戶可以輕松的配置出一個可供使用的遠程計算平臺(該平臺包含1臺Linux計算機,2個計算核心),核心的數量可更具實際的計算機核心數進行調整,已充分發揮計算機的性能。

      除了上述的配置方法外,用戶也可更具自身的需求額外安裝MPI組件,TORQUE任務調度組件等來擴展遠程計算平臺的性能與規模,使更多的計算機和計算核心被納入進來。


      7.往期回顧:



      點擊上圖進入上期精彩回顧:Phoenix NLME遠程linux計算節點概述


      8.參考文獻:

      《Phoenix Framework Guide》

      《Phoenix NLME User's Guide》



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